Der Neuköllner Schwimmsport hat wie die Allgemeinheit insgesamt in dieser Zeit einschneidende Geschehnisse erfahren: Politische und moralische Einschränkungen und gesellschaftliche Zwänge, die heute kaum noch vorstellbar sind. 1933 wurde die FSN von den Nationalsozialisten – wie sämtliche Arbeitersportvereine – aufgrund ihrer sozialdemokratischen Einstellung verboten. Die Machtergreifung Hitlers stützte sich auf den bürgerlichen Sport, durch den sich im Sinne der Nationalsozialisten nationale, völkische und großdeutsche Gesinnungen und wehrhafte Erziehung fördern ließen. Die bürgerlichen Sportverbände schlossen sich mehr oder weniger freiwillig der politischen Regierung an.
1945 verboten die alliierten Siegermächte dann die SUN wie alle anderen Sportvereine und Verbände auch, da sie Mitglieder des nationalsozialistischen Dachsportverbandes NSRL waren. Das war kein generelles Sportverbot, nur sollte der Wiederaufbau des Sports von unten beginnen und mit dem Deutschen Sportbund eine demokratische Struktur erhalten.
Der Krieg verursachte viele Einschränkungen und Ausfälle wie z.B. die Zerstörung von Sportanlagen. Der Wiederaufbau nach Ende des 2. Weltkrieges schritt mit wenigen und einfachen Mitteln voran. So wurden eigene Trainingsstätten und dergleichen mehr errichtet. Dies alles geschah immer unter dem Gesichtspunkt der Sicherstellung des Übungs- und Trainingsbetriebes in den verschiedenen Sportarten. Die meisten Neuköllner Schwimmsportler, die diesen fürchterlichen Weltkrieg überlebt hatten, trainierten zunächst in einer losen Vereinigung zusammen, der sogenannten Schwimmgruppe Neukölln. Neben den wassergebundenen Sportarten wurden immer auch Mannschaftsspiele wie Fußball, Faustball oder ähnliches betrieben. Nicht zuletzt ist dies immer der Initiative aller Mitglieder zu verdanken gewesen. Es gab in jedem Verein Persönlichkeiten, welche sich durch ihren unerschütterlichen Enthusiasmus über Jahre und Jahrzehnte hinweg um den Schwimmsport in Neukölln besonders verdient gemacht haben.
Mit zunehmender Stabilisierung wurden ab dem Jahr 1949 Neugründungen durch die Amerikaner zugelassen. Viele Mitglieder der von 1933 bis 1945 durch die Nazis verbotenen Vereine Fichte, SSC und FSN sowie ehemalige Mitglieder der ab 1945 verbotenen SUN gehörten zu den ersten Mitgliedern des Schwimm-Club-Neukölln. Erst 1950 wurde die Schwimm-Union wieder zugelassen. Die Freien Schwimmer gründeten sich unter dem bis 1933 gültigen alten Namen neu und führten die Tradition der während der Nazizeit verbotenen Arbeitervereine ab 1950 fort.